Le Centre national pour l'aménagement des structures des exploitations agricoles est chargé, pour la période de programmation 2007-2013, du paiement des aides prévues par le règlement (CE) n° 1198/2006 susvisé, ainsi que les contreparties du ministère de l'agriculture et de la pêche, sur proposition des différentes autorités de gestion, à l'exception des paiements qui pourraient être confiés à des organismes intermédiaires.