Le conseil d'administration élit un président, parmi les membres représentants des collectivités territoriales ou de leurs groupements, pour une durée de six ans. Il élit parmi l'ensemble de ses membres un vice-président. Il désigne également deux membres qui, avec le président, le vice-président et le préfet de Vendée, constituent le bureau.
Le bureau comporte au moins un représentant d'une communauté de communes.
Le vice-président supplée le président en cas d'absence ou d'empêchement.