Les commissions consultatives paritaires sont présidées par le directeur des personnels et de l'adaptation de l'environnement professionnel ou son représentant.
Les commissions élaborent leur propre règlement intérieur qui doit être soumis à l'approbation du ministre de l'économie, des finances et de l'emploi et du ministre du budget, des comptes publics et de la fonction publique.
Le secrétariat de la commission est assuré par un représentant de l'administration qui peut ne pas être membre de la commission. Un représentant du personnel est désigné par la commission en son sein pour exercer les fonctions de secrétaire adjoint.
Un procès-verbal est établi après chaque séance. Il est signé par le président et contresigné par le secrétaire et le secrétaire adjoint et transmis, dans un délai d'un mois, aux membres de la commission.