Il peut être dérogé aux spécifications techniques d'interopérabilité, y compris celles relatives au matériel roulant, en cas de renouvellement, de réaménagement ou d'extension d'une ligne existante, lorsque leur application risque de compromettre la viabilité économique du projet.
Cette dérogation peut également être accordée lorsque le gabarit, l'écartement ou l'entraxe des voies, ou la tension électrique prévus par les spécifications techniques d'interopérabilité sont incompatibles avec les caractéristiques techniques de la ligne existante.
La demande de dérogation est adressée, lors de la phase initiale de définition du projet, au ministre chargé des transports et à l'EPSF qui fait connaître son avis au ministre dans un délai de deux mois. Elle présente les spécifications retenues ainsi que les spécifications techniques d'interopérabilité auxquelles le demandeur souhaite déroger. Le dossier comporte l'avis de RFF lorsque la demande concerne un matériel roulant destiné au réseau ferré national.
S'il est favorable à l'octroi de la dérogation, le ministre chargé des transports transmet la demande dans un délai de trois mois à la Commission européenne. Il informe le demandeur de cette transmission ainsi que des suites que lui a données la Commission. Une demande non transmise dans ce délai est réputée rejetée. Le dossier préliminaire de sécurité prévu à l'article 47 prend en compte les spécifications retenues ainsi que les spécifications techniques auxquelles il est dérogé.