La commission comprend deux coprésidents.
Le président du Conseil supérieur de la fonction publique de l'Etat désigne un coprésident parmi les représentants de l'administration siégeant à la commission.
Le président du Conseil supérieur de la fonction publique territoriale désigne un coprésident parmi les représentants des collectivités territoriales siégeant à la commission.
Les fonctions de coprésident de la commission sont incompatibles avec celles de président du Conseil supérieur de la fonction publique de l'Etat et de président du Conseil supérieur de la fonction publique territoriale.
La présidence des séances de la commission est assurée alternativement par les coprésidents.
Le mandat du coprésident de la commission désigné par le président du Conseil supérieur de la fonction publique territoriale est prorogé jusqu'à l'installation du membre qui le remplace.