Outre le directeur général, le conseil scientifique comprend vingt-quatre membres ainsi répartis :
a) Quatorze membres nommés par arrêté du ministre chargé de l'agriculture :
- quatre représentants d'organismes de recherche ;
- dix personnalités qualifiées représentatives des activités économiques, éducatives et de recherche présentant un lien avec les missions de l'établissement, dont deux choisies sur proposition du ministre chargé de la recherche et une sur proposition du ministre chargé de l'enseignement supérieur ;
b) Dix membres élus :
- deux représentants des professeurs et personnels assimilés ;
- deux représentants des maîtres de conférences et des autres personnels chargés d'enseignement ;
- trois représentants des personnels ingénieurs, assistants ingénieurs et techniciens ;
- deux représentants des personnels scientifiques n'appartenant pas aux effectifs de l'établissement et exerçant leurs activités de recherche dans le cadre d'une unité de recherche à laquelle l'établissement participe ;
- un représentant des étudiants inscrits en doctorat dans l'établissement.
Le conseil scientifique élit le président en son sein parmi les personnalités désignées au a.
Le directeur de l'Ecole nationale du génie rural, des eaux et des forêts et toute personne désignée par le conseil d'administration ou dont le président du conseil scientifique estime la présence nécessaire assistent aux réunions avec voix consultative.