Les recettes et les dépenses propres à chacun des modes d'activité énumérés à l'article L. 6162-1 doivent faire l'objet d'une section distincte dans le budget du centre.
Un arrêté des ministres chargés de l'économie et des finances et de la santé détermine les règles applicables à la gestion financière du centre, à son contrôle et à la désignation du trésorier.