L'Agence unique de paiement est agréée comme organisme payeur au sens du règlement (CE) n° 1290/2005 pour les paiements qui relèvent de son champ de compétence, à savoir les paiements relatifs :
- au régime de paiement unique prévu par le titre III du règlement (CE) n° 1782/2003 du Conseil du 29 septembre 2003 ainsi que le paiement du montant supplémentaire de l'aide prévu à l'article 12 de ce même règlement ;
- aux régimes d'aide prévus par le titre IV du règlement (CE) n° 1782/2003 du Conseil du 29 septembre 2003 ;
- aux primes animales aux éleveurs de ruminants prévues dans les départements d'outre-mer prévues par le règlement (CE) n° 247/2006 du Conseil du 30 janvier 2006 ;
- à la prime aux féculeries prévue par le règlement (CE) n° 1868/94 du Conseil du 27 juillet 1994 ;
- aux aides communautaires relatives aux fourrages séchés et aux plantes textiles prévues par le règlement (CE) n° 1786/2003 du Conseil du 29 septembre 2003 ;
- aux mesures spéciales en vue de favoriser l'élevage des vers à soie prévues par le règlement (CE) n° 1668/2000 du Conseil du 17 juillet 2000 ;
- aux dépenses des programmes de promotion des produits européens dans le marché intérieur et les pays tiers prévues respectivement par le règlement (CE) n° 2826/2000 du Conseil du 19 décembre 2000 et par le règlement (CE) n° 2702/1999 du Conseil du 14 décembre 1999, pour tout programme à la demande de l'Etat.