L'autorité chargée du contrôle financier sur l'Académie des technologies, ci-après dénommée « le contrôleur », exerce une mission générale de suivi de la gestion de l'établissement. Elle contribue notamment, en vue de leur prévention, à l'identification des risques financiers, directs ou indirects, auxquels l'établissement est susceptible d'être confronté. A cette fin, elle s'appuie sur une analyse des risques et de la performance. Elle en rend compte au ministre chargé du budget et en informe les ministres intéressés.
Dans ce cadre, le contrôleur peut évaluer, en liaison avec l'ordonnateur, les circuits et procédures mis en place pour l'exécution du budget de l'établissement. Il coordonne son intervention avec celle de l'agent comptable au titre du contrôle allégé partenarial.
Il établit un rapport annuel sur la gestion budgétaire et financière de l'établissement qu'il transmet aux ministres chargés du budget et aux ministres intéressés, ainsi qu'à l'ordonnateur.