Le conseil d'administration de l'institut comprend dix-neuf membres. Il est composé, outre son président :
1° De trois membres de droit :
a) Le directeur général de l'enseignement scolaire du ministère de l'éducation nationale, de l'enseignement supérieur et de la recherche ou son représentant ;
b) Le directeur général de l'enseignement supérieur du ministère de l'éducation nationale, de l'enseignement supérieur et de la recherche ou son représentant ;
c) Le directeur général de la recherche et de l'innovation du ministère de l'éducation nationale, de l'enseignement supérieur et de la recherche ou son représentant ;
2° D'un député et d'un sénateur ;
3° De six représentants de l'Etat, nommés respectivement par le ministre de l'intérieur, le ministre des affaires étrangères, le ministre de la défense, le ministre chargé du budget, le ministre chargé de la fonction publique et le ministre chargé de l'industrie ;
4° Du président de l'association des anciens auditeurs ;
5° De six personnalités qualifiées parmi lesquelles :
a) Quatre membres désignés par les ministres chargés de l'éducation, de l'enseignement supérieur et de la recherche pour leur compétence scientifique, leur compétence d'administrateur de la recherche publique ou privée ou pour leurs responsabilités dans la société civile ;
b) Deux anciens auditeurs désignés par les ministres chargés de l'éducation, de l'enseignement supérieur et de la recherche sur proposition du directeur de l'institut.