Ce service est chargé de la mise en oeuvre des contrôles prévus à l'article R. 622-46 du code rural.
Il assure le secrétariat de la commission interministérielle de coordination des contrôles instituée par le décret du 10 mai 1996 susvisé, sous l'autorité directe de son président, ainsi que la présidence et le secrétariat de la commission interministérielle d'agrément instituée par le décret du 20 décembre 1996 susvisé.
Il peut en outre être chargé, à l'initiative du président de la commission interministérielle de coordination des contrôles mentionnée à l'alinéa précédent, de toute mission de contrôle dans le cadre de la gestion des fonds communautaires ou nationaux dans le domaine agricole et rural.