Les opérations financières et comptables de l'établissement sont effectuées conformément aux dispositions des décrets du 10 décembre 1953 et du 29 décembre 1962 susvisés.
L'établissement est soumis au contrôle financier de l'Etat prévu par le décret du 4 juillet 2005 susvisé.
L'agent comptable de l'établissement est nommé par arrêté conjoint des ministres chargés de la tutelle et du ministre chargé du budget.