Les sections sont au nombre de six. Elles interviennent respectivement dans les domaines ci-après :
I. - La section « économie, agriculture, entreprises » est compétente en matière de productions agricoles, d'économie des exploitations et des filières, de gestion des risques et des crises agricoles, d'industries et de commerce des produits agricoles et alimentaires, de valorisation de leur origine et de leur qualité, d'utilisations non alimentaires des produits agricoles ainsi que de politiques agricoles nationale, communautaire et internationale.
II. - La section « aménagement et développement des territoires » est compétente en matière de politiques nationale et communautaire de développement des territoires, d'organisation de ceux-ci, de développement économique et de diversification des activités, de services au public, de politique foncière, d'ingénierie d'appui territorial et, en liaison avec les autres sections, d'appui technique de l'Etat aux acteurs locaux.
III. - La section « emploi, formation, recherche » est compétente dans les domaines du droit du travail, de la protection sociale agricole, de la politique de l'emploi, des formations techniques et supérieures, de la formation professionnelle, de l'apprentissage, de la formation tout au long de la vie ainsi que de la recherche et du développement.
IV. - La section « alimentation et santé » est compétente en matière de santé des animaux et des plantes, de prévention des zoonoses, de sécurité sanitaire des aliments et de protection du consommateur, de bien-être animal, de politique vétérinaire et phytosanitaire ainsi que de gestion des crises concernant ces secteurs d'activité. Elle intervient également dans les domaines de la qualité nutritionnelle des aliments, de leur goût et du patrimoine culinaire.
V. - La section « eau, milieu marin, pêche » est compétente en matière d'eaux superficielles et souterraines, intérieures et côtières, de milieux aquatiques et marins, de police de l'eau et de gestion de la ressource en eau pour ses usages domestiques, agricoles, industriels et énergétiques. Elle traite des ouvrages et systèmes hydrauliques ainsi que de la gestion des risques liés à l'eau.
Elle est également compétente en matière de ressources halieutiques, de politique et d'économie de la pêche professionnelle et de l'aquaculture marine et continentale.
VI. - La section « nature, forêt, paysages » est compétente en matière de protection et gestion des milieux naturels terrestres et des zones humides, de faune et de flore sauvages, de biodiversité et de parcs zoologiques. Elle intervient en matière de parcs et jardins ainsi que de politique et de gestion des paysages.
Elle traite de la politique et de l'exercice de la chasse et de la pêche de loisir ainsi que des animaux de sport et de compagnie.
Elle est également compétente dans les domaines de la politique et de la gestion multifonctionnelle de la forêt, de la transformation et de la valorisation du bois et des autres produits forestiers, de la conservation et restauration des sols ainsi que des risques naturels liés à la forêt et à la montagne.