Les doctorants effectuent leurs travaux sous le contrôle et la responsabilité de leur directeur de thèse. L'encadrement d'une thèse peut être éventuellement assuré conjointement par deux directeurs de thèse.
Les fonctions de directeur ou de codirecteur de thèse peuvent être exercées :
- par les professeurs et assimilés au sens des dispositions relatives à la désignation des membres du Conseil national des universités ou par des enseignants de rang équivalent qui ne dépendent pas du ministère de l'éducation nationale ; par les personnels des établissements d'enseignement supérieur, des organismes publics de recherche et des fondations de recherche, habilités à diriger des recherches ;
- par d'autres personnalités, titulaires d'un doctorat, choisies en raison de leur compétence scientifique par le chef d'établissement, sur proposition du directeur de l'école doctorale et après avis du conseil scientifique de l'établissement.
Le conseil scientifique de l'établissement arrête le nombre maximum de doctorants encadrés par un directeur de thèse, éventuellement en fonction des champs disciplinaires concernés, après avis des conseils des écoles doctorales. A cet égard, les dispositions arrêtées par les établissements sont prises en compte dans l'évaluation périodique des écoles doctorales.