La demande de dérogation est acccompagnée d'un dossier justificatif dont le contenu est fixé par arrêté des ministres chargés du commerce et de l'agriculture. Elle est adressée au préfet chargé de la police du marché, qui statue dans un délai de trois mois à compter de la réception du dossier complet de la demande, selon des modalités fixées par arrêté des ministres chargés du commerce et de l'agriculture. A l'expiration de ce délai, l'autorisation est réputée acquise. Une copie de la décision est adressée au gestionnaire du marché.
Pour les demandes relatives au Marché d'intérêt national de Paris-Rungis, le préfet de la région Ile-de-France statue après avis du comité consultatif du Marché d'intérêt national de Paris-Rungis, dont la composition et les règles de fonctionnement sont fixées par arrêté conjoint des ministres de tutelle.