Le président de l'école est élu pour un mandat de cinq ans par le conseil d'administration et le conseil scientifique réunis en congrès, parmi les enseignants-chercheurs affectés à titre principal à l'établissement. Il ne peut effectuer deux mandats consécutifs.
Le congrès délibère valablement si la majorité des membres en exercice est présente. Chaque personne dispose d'une voix. L'élection a lieu au scrutin majoritaire à deux tours. Elle est acquise à la majorité absolue des suffrages exprimés au premier tour, à la majorité relative au second tour.
La fonction de président de l'école et celle de doyen de section sont incompatibles. Lorsqu'un doyen de section est élu président, il est pourvu à son remplacement dans un délai de six mois.