L'observatoire est placé auprès du ministre chargé de l'économie.
Il adopte, sur proposition du comité exécutif, le programme pluriannuel et le rapport annuel.
Le comité exécutif propose les objectifs de l'observatoire ainsi que son plan de développement. Il propose et exécute le programme pluriannuel. Il détermine les thèmes de concertation et met en place les groupes ad hoc. Il détermine les documents techniques à élaborer par les groupes techniques de travail qu'il met en place. Il valide les documents techniques élaborés.
Les documents préparés par les groupes de travail techniques sont soumis à l'avis d'un conseil scientifique préalablement à leur validation par le comité exécutif. La composition du comité scientifique est déterminée par l'observatoire.
Le secrétariat général de l'observatoire est assuré par la direction des affaires juridiques du ministère de l'économie, des finances et de l'industrie.