La sous-direction « système d'information » conçoit et veille à la cohérence des évolutions du système d'information budgétaire, financière et comptable de l'Etat, en liaison avec les ministères utilisateurs, la direction de la réforme budgétaire, la direction du budget et la direction générale de la comptabilité publique.
Elle comprend trois départements :
- le département « système cible » ;
- le département « fonctionnel » ;
- le département « systèmes remettants et comptabilités développées ».