L'ordre du jour des réunions est arrêté par le ministre chargé de l'agriculture.
Les convocations écrites comportant l'ordre du jour sont adressées aux membres de la commission au moins quinze jours avant la date de la réunion ainsi que les documents nécessaires à l'examen des points figurant à l'ordre du jour.
Sous réserve que ses membres aient été régulièrement convoqués, la commission délibère valablement sur l'ordre du jour quel que soit le nombre des membres participant à la réunion dès lors que le président est présent. En cas de partage des voix en nombre égal, le président a voix prépondérante.
Le secrétariat est assuré par la direction générale de la forêt et des affaires rurales du ministère de l'agriculture, de l'alimentation, de la pêche et des affaires rurales. Les comptes rendus sont rédigés par le secrétariat et signés par le président.