Le comité de coordination des aéroports français établit un règlement intérieur.
Le règlement intérieur précise notamment les règles de vote en assemblée plénière, la ou les langues dans lesquelles le comité pourra, le cas échéant, traduire ses rapports, les modalités de proposition des membres et du président des comités exécutifs ainsi que leurs modalités de fonctionnement. En outre, il prévoit, le cas échéant, les conditions de création de sous-comités et leurs modalités de fonctionnement, en particulier leurs missions et leur présidence.
Le règlement intérieur est communiqué à la direction générale de l'aviation civile.
Le comité de coordination des aéroports français soumet chaque année à la direction générale de l'aviation civile un rapport sur ses travaux, avec indication des différents points de vue exprimés en son sein.