La commission est composée de la façon suivante :
- un représentant du ministre chargé de la fonction publique ;
- un représentant du ministre chargé des affaires étrangères ;
- un représentant du ministre chargé du budget ;
- un représentant de l'administration d'accueil de l'agent intéressé.
Lorsqu'elle examine des demandes concernant la fonction publique territoriale ou la fonction publique hospitalière, elle comprend respectivement un représentant du ministre chargé des collectivités territoriales ou un représentant du ministre chargé de la santé.
La commission est présidée par le représentant du ministre chargé de la fonction publique.
Elle rend son avis à la majorité de ses membres. En cas de partage des voix, celle du président est prépondérante.