Le conseil d'administration est composé de 17 membres, selon la répartition suivante :
7 membres représentant les bénéficiaires cotisants du régime, proposés par les organisations syndicales représentatives ;
3 membres, dont un militaire, représentant l'ensemble des employeurs de la fonction publique de l'Etat ;
3 membres représentant les employeurs de la fonction publique territoriale choisis parmi les membres élus du Conseil supérieur de la fonction publique territoriale ;
1 membre représentant les employeurs de la fonction publique hospitalière ;
3 personnalités qualifiées.
Pour chaque administrateur représentant les bénéficiaires cotisants ou les employeurs de la fonction publique il est nommé un suppléant dans les mêmes conditions que les titulaires.
Le directeur de l'établissement, le contrôleur d'Etat et l'agent comptable assistent aux séances du conseil d'administration sans voix délibérative.