La formation est organisée sur trois années. Les deux premières années d'études sont consacrées à un enseignement général théorique et appliqué, complété par des stages pratiques. La dernière année d'études constitue un approfondissement des connaissances générales acquises antérieurement. Des options permettent aux étudiants d'individualiser leur cursus en fonction de leur projet professionnel.
La formation est dispensée sous forme d'unités d'enseignement. La validation de chaque semestre conduit à l'obtention de trente crédits au sens des articles 2 et 5 du décret du 8 avril 2002 susvisé.
A l'issue de la formation, le diplôme d'ingénieur en industries agroalimentaires des régions chaudes diplômé du Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier Sup Agro) est délivré aux étudiants qui ont satisfait aux modalités de contrôle des connaissances et d'aptitudes.
Les modalités de suivi des enseignements, des stages et du travail personnel des étudiants, les modalités de contrôle des connaissances et aptitudes, les conditions de validation des unités d'enseignement et d'obtention des crédits ainsi que les conditions de passage d'une année d'études à l'autre sont définies dans le règlement des études de l'établissement.