Le président de l'établissement public préside un conseil scientifique constitué de l'ensemble des conservateurs de l'établissement, dont le directeur du musée Hébert. Ce conseil est consulté sur les questions scientifiques et muséologiques et sur les orientations de la politique culturelle de l'établissement avant qu'elles ne soient soumises au conseil d'administration. Il délibère notamment sur les projets d'acquisitions de biens culturels prévues à l'article 5, sur les prêts et dépôts des biens culturels et des collections dont l'établissement public a la garde, sur les programmes relatifs à la muséographie, aux expositions et aux publications, sur les conditions dans lesquelles les espaces du musée sont occupés par des organismes extérieurs pour des manifestations exceptionnelles et sur toute autre question qui lui est soumise par le président de l'établissement.
L'administrateur général assiste aux réunions du conseil scientifique.
Le président peut inviter à assister aux séances du conseil scientifique toute autre personne dont il juge la présence utile.