Le directeur de l'Institut national des appellations d'origine, nommé par arrêté du ministre chargé de l'agriculture, est chargé d'assurer la gestion de l'établissement. Il assure, sous l'autorité des présidents, la préparation et l'exécution des délibérations des comités nationaux et du conseil permanent et en applique les décisions. Il assiste aux séances du conseil permanent, des comités nationaux, des commissions permanentes et des comités régionaux, avec voix consultative. Il peut se faire représenter par un agent de l'établissement.
Il assure le fonctionnement des services de l'institut, prend toutes les décisions individuelles relatives au personnel. Il est ordonnateur des recettes et dépenses de l'institut.
Il peut recevoir délégation de signature du président du conseil permanent et des présidents des comités nationaux pour accomplir les actes de la vie civile et assurer la représentation de l'institut. L'acte par lequel ceux-ci délèguent leur signature peut prévoir les agents de l'établissement autorisés à se substituer au directeur en cas d'empêchement.
Il peut déléguer sa signature à des agents de l'établissement pour tous actes autres que ceux mentionnés au précédent alinéa et dans les limites qu'il détermine.