Dans le cadre des missions définies au troisième alinéa de l'article 29 du décret du 7 mars 2003 susvisé, le ministre chargé des transports transmet à la mission de contrôle des activités ferroviaires les réclamations qui lui sont adressées et qui sont relatives :
- au contenu du document de référence du réseau ;
- à la procédure de répartition des capacités d'infrastructure et aux décisions afférentes ;
- au système de tarification ainsi qu'au niveau et à la structure des redevances d'utilisation de l'infrastructure empruntée, en particulier sa conformité aux dispositions mentionnées dans le décret n° 97-446 du 5 mai 1997 relatif aux redevances d'utilisation du réseau ferré national ;
- au certificat de sécurité ainsi qu'à l'application et au contrôle des normes et règles de sécurité ;
- à la fourniture des prestations et services mentionnés à l'article 3 du décret du 7 mars 2003 susvisé ;
- à la mise en oeuvre des accords-cadres ainsi que des contrats d'utilisation de l'infrastructure.