L'établissement de l'élevage est agréé par arrêté du préfet du département dans lequel est situé le siège de l'établissement. L'arrêté d'agrément fixe les limites de la circonscription.
L'agrément peut être suspendu ou retiré dans les mêmes formes lorsque l'établissement ne satisfait plus aux conditions prescrites ou lorsque son fonctionnement est reconnu défectueux à la suite de contrôles. La commission nationale d'amélioration génétique doit être consultée quand les défaillances constatées concernent les activités énumérées à l'article R. 653-129.
Les décisions de suspension ou de retrait d'agrément ne peuvent intervenir qu'après que l'établissement intéressé ait été informé des motifs et de la nature des mesures envisagées et à l'expiration d'un délai qui ne pourra être inférieur à un mois.
La décision de suspension ou de retrait d'agrément désigne l'institution ou le service public qui, à titre provisoire, assurera la gestion des services de l'établissement et poursuivra les actions entreprises par lui.