Sur la base du contrôle réalisé sur échantillon représentatif, un certificat phytosanitaire est délivré s'il apparaît que les végétaux, produits végétaux et autres objets répondent aux exigences réglementaires phytosanitaires du pays de destination, extérieur à la Communauté européenne.
Toutefois, dans des cas particuliers, justifiés par la difficulté de mise en évidence des organismes nuisibles, les végétaux, produits végétaux et autres objets peuvent faire l'objet d'un contrôle sanitaire en cours de production.