Le ministre chargé des transports délivre le certificat de sécurité après avis de Réseau ferré de France émis au vu d'un rapport technique établi par la Société nationale des chemins de fer français chargée, pour le compte de Réseau ferré de France, de la gestion du trafic et des circulations sur le réseau ferré national ainsi que du fonctionnement et de l'entretien des installations techniques et de sécurité de ce réseau.
La Société nationale des chemins de fer français prend, sous le contrôle de Réseau ferré de France, les mesures nécessaires pour assurer l'indépendance fonctionnelle du service qui réalise les rapports techniques, afin de garantir l'absence de toute discrimination dans l'exercice de ces fonctions. Ce service respecte la confidentialité des informations à caractère commercial qui lui sont communiquées pour les besoins de ces rapports.
Le certificat de sécurité précise les services et les lignes du réseau ferré national pour lesquels il est valable.
Les études nécessaires à l'instruction technique du certificat de sécurité donnent lieu à une rémunération égale au coût directement imputable à leur réalisation.