Le président de la mission réunit périodiquement, sur un ordre du jour qu'il établit, un conseil d'orientation composé de personnalités nommées, à raison de leurs compétences ou de leur expérience, par arrêté du Premier ministre.
Ce conseil contribue, par ses travaux, à nourrir la réflexion des pouvoirs publics sur les dérives sectaires, à dégager des orientations et des perspectives d'action pour la mission et à favoriser l'évaluation de cette action.
Le conseil d'orientation entend toute personne qu'il juge utile pour mener à bien ses travaux. Les membres du comité exécutif peuvent, sur décision du président de la mission, assister aux réunions du conseil.