La commission se réunit sur convocation de son président. Son secrétariat est assuré par la direction des musées de France. Les avis sont émis à la majorité des membres présents. En cas de partage égal des voix, celle du président est prépondérante.
En tant que de besoin, le président peut inviter à assister avec voix consultative à tout ou partie des réunions de la commission scientifique toute personne dont il souhaite recueillir l'avis.