L'établissement est administré par un conseil d'administration. Il comporte un conseil scientifique, un conseil des enseignants et un conseil de l'enseignement et de la vie étudiante.
Il est dirigé par un directeur général assisté d'un ou plusieurs directeurs adjoints et d'un secrétaire général.
Il comprend l'Ecole nationale du génie rural, des eaux et des forêts ainsi que des départements de formation et de recherche, des unités de recherche, des services et, le cas échéant, des services communs, des instituts et des écoles, créés par délibération du conseil d'administration.