La sous-direction des affaires financières et générales assure le soutien des directions et services en matière budgétaire, comptable, matérielle, immobilière et d'archivage.
Elle coordonne la programmation des moyens du ministère. Elle assure les relations avec le ministère chargé du budget, prépare et suit l'exécution du budget du ministère, contrôle la gestion de ce dernier, effectue toutes opérations y afférant et concourt, en matière financière, à la tutelle des établissements publics et autres organismes subventionnés.
Elle élabore la politique immobilière du ministère et en coordonne la mise en oeuvre.
Elle gère les moyens matériels de l'administration centrale et répartit les moyens de fonctionnement des services déconcentrés.
En liaison avec la délégation au développement et à l'action territoriale, elle participe à l'élaboration de la directive nationale d'orientation.
Elle assure les relations avec le Conseil économique et social et la Cour des comptes.