Lors de la première réunion, le conseil procède à l'élection de son président. Celui-ci est élu à bulletins secrets, au premier tour, s'il obtient les suffrages à la majorité absolue de la totalité des membres du conseil scientifique de département. Si cette majorité n'est pas atteinte, il est procédé à un deuxième tour selon les mêmes modalités. Si ce deuxième tour est également infructueux, il est procédé à un troisième tour. L'élection est alors acquise à la majorité simple des suffrages exprimés. En cas de partage égal des voix, le candidat le plus âgé est proclamé élu.
En cas d'absence ou d'empêchement du président, la séance est présidée par le doyen d'âge.
En cas de vacance définitive de la présidence, il est alors procédé à de nouvelles élections selon les mêmes modalités que celles visées au présent article.