Le titulaire de l'entrepôt fiscal est tenu de réaliser un recensement physique des stocks de produits énergétiques à la fin de chaque trimestre.
La comparaison entre le stock physique et le stock comptable permet d'identifier un écart éventuel. Cet écart donne lieu à régularisation fiscale.
Lorsque le stock physique est inférieur au stock comptable, l'écart constitue un manquant, qualifié de déficit. Lorsque le stock physique est supérieur au stock comptable, l'écart est qualifié d'excédent.
L'écart constaté par les agents des douanes lors d'un contrôle en entrepôt donne également lieu à régularisation fiscale, que ce contrôle ait lieu en fin ou en cours de trimestre.
Toutefois, le titulaire de l'entrepôt fiscal d'huiles végétales pures est dispensé de procéder au recensement physique trimestriel des stocks de produits énergétiques.