Le directeur général est nommé par décret sur le rapport des ministres chargés des mines et de la sécurité sociale, pour une durée de trois ans renouvelable une fois. Il dirige l'agence et à ce titre exerce notamment les attributions suivantes :
1° Il met en oeuvre les orientations générales définies par le conseil ; il organise et dirige les services ;
2° Il a autorité sur le personnel de l'agence qu'il recrute, affecte et gère ; il signe au nom de l'agence les adaptations de la convention collective nationale des institutions de retraites complémentaires et définit la politique de rémunération dans le cadre budgétaire fixé par le conseil ;
3° Il élabore et applique le règlement intérieur de l'agence ;
4° Il prépare les programmes et rédige les rapports d'activité ;
5° Il prépare les budgets et les exécute. Il est ordonnateur des dépenses et des recettes ;
6° Il accepte à titre conservatoire les dons et legs, sous réserve que leur acceptation définitive soit mise à l'ordre du jour de la prochaine séance du conseil ;
7° Il conclut pour l'agence les conventions et marchés ;
8° Il représente l'agence en justice et dans tous les actes de la vie civile.
Le directeur général peut déléguer sa signature, dans le cadre de ses attributions, à des membres du personnel de l'agence.