Sont en outre placés auprès du directeur général :
- un chargé de mission, qui exerce notamment des fonctions de conception, de programmation, de conduite ou de coordination dans les domaines de la communication et de la logistique de la direction, ainsi que pour toutes les missions qui lui sont confiées. Il est responsable également du suivi et de l'évaluation des actions précitées ;
- la mission d'audit, d'évaluation et de contrôle, chargée de l'ensemble du dispositif et de la politique menée en matière d'audit et de contrôle du Trésor public. Elle réalise aussi des missions d'audit interne au sein des services déconcentrés du Trésor public et des services centraux de la direction générale de la comptabilité publique et toute autre mission d'audit à la demande du ministre chargé de l'économie, des finances et de l'industrie ;
- la mission pour le programme Helios, chargée de réaliser une application informatique unique de tenues de comptes du secteur public local, se substituant aux diverses applications existantes. Elle est également chargée du développement de cette nouvelle application ainsi que des formations et de l'accompagnement du changement requis.