La direction générale de la comptabilité publique comprend deux services et sept sous-directions. Elle comprend également un chargé de mission, une mission d'audit, d'évaluation et de contrôle et une mission pour le programme Hélios, directement placés auprès du directeur général, ainsi qu'une mission de coopération internationale, directement placée auprès du chef du service des ressources et du réseau.