Nonobstant le respect des obligations mentionnées à l'article 2 du décret du 20 août 2003 susvisé, le contractant justifie chaque année du respect de ses engagements ; il adresse au préfet la déclaration de surface sur laquelle il mentionne les parcelles faisant l'objet d'engagements.
Les contrôles sur place portent chaque année sur au moins 5 % des bénéficiaires d'engagements agroenvironnementaux, de contrats territoriaux d'exploitation ou des autres aides dont le paiement est proportionnel à une quantité engagée (surface, mètres linéaires, volumes, unités) dans le cadre du règlement (CE) n° 1257/1999 susvisé. Ils couvrent l'ensemble des mesures de développement rural prévu dans les documents de programmation et portent sur la totalité des engagements et des obligations relatifs au type de mesure de développement rural objet du contrôle qu'il est possible de contrôler au moment de la visite.