Le service est doté de deux organes consultatifs : le conseil d'orientation et le conseil scientifique et technique :
Le conseil d'orientation est consulté sur le programme d'activités du service et sur les conditions de son exécution. Il se réunit au moins une fois par an. Il est composé de représentants de l'Etat, de représentants du personnel du service et de personnalités qualifiées ;
Le conseil scientifique et technique est consulté sur le programme d'études et de recherches, sur les orientations en matière d'harmonisation et de certification des matériels de mesures et des outils de modélisation. Il aide à la coordination des actions scientifiques et techniques entreprises par les services techniques et établissements publics de l'Etat en matière d'hydrologie et de prévision des crues. Il est composé de représentants de directions et de services scientifiques et techniques de l'Etat intervenant dans le domaine de la prévision des crues ainsi que de personnalités reconnues dans le domaine de la prévision des crues.
La composition, l'organisation et le fonctionnement du conseil d'orientation et du conseil scientifique et technique sont fixés par arrêté du ministre chargé de l'environnement.