Lorsqu'il existe plusieurs commissaires du Gouvernement auprès d'une chambre régionale des comptes, le ministère public s'exerce sous l'autorité de celui d'entre eux désigné par décret.
En cas d'absence ou d'empêchement, celui-ci est remplacé par le commissaire du Gouvernement le plus anciennement nommé auprès de la chambre.
En cas d'absence ou d'empêchement du ou des commissaires du Gouvernement, l'intérim du ministère public est exercé auprès de la chambre par un commissaire du Gouvernement d'une autre chambre désigné par le procureur général près la Cour des comptes, sous réserve des dispositions applicables dans les régions d'outre-mer.