L'ordre du jour de la première réunion plénière est fixé après avis du directeur général du Centre national de la recherche scientifique par le président par intérim.
Cet ordre du jour prévoit notamment l'établissement des listes de propositions de nominations aux conseils scientifiques de département, à raison de six noms par liste au minimum.
Il appartient au président par intérim du conseil scientifique d'organiser les groupes de travail qui permettront l'élaboration des propositions de nominations.