La commission fonde son évaluation sur les indicateurs qu'elle a définis et rendus publics. Elle fixe les modalités de l'évaluation en tenant compte des recommandations de l'Agence d'évaluation de la recherche et de l'enseignement supérieur (AERES). Elle peut s'appuyer sur les ressources de l'inspection générale de l'éducation nationale et de l'inspection générale de l'administration de l'éducation nationale et de la recherche.