Pour l'exercice de ses attributions, le secrétaire d'Etat chargé de la prospective et de l'évaluation des politiques publiques dispose des différentes instances compétentes en matière d'expertise et d'évaluation placées auprès du Premier ministre, notamment le Centre d'analyse stratégique, le Conseil national de l'évaluation, le Conseil d'analyse économique, le Conseil d'orientation des retraites, le Conseil d'analyse de la société et le Conseil d'orientation pour l'emploi. Il fait toutes propositions pour faciliter l'exercice de la mission confiée à ces instances et tirer le meilleur parti de leurs travaux.
Il peut faire appel, en tant que de besoin, aux directions et services d'administration centrale compétents en matière d'expertise et d'évaluation placés auprès des différents départements ministériels, en particulier la direction générale de la modernisation de l'Etat, la direction générale de l'Institut national de la statistique et des études économiques, la direction de l'animation de la recherche, des études et des statistiques, la direction de la recherche, des études, de l'évaluation et des statistiques ainsi que l'inspection générale des finances et l'inspection générale des affaires sociales.