Pour la mise en oeuvre des actions correspondant aux missions du CTHS, des crédits et des emplois lui sont affectés directement. Le président du CTHS est ordonnateur des recettes et des dépenses.
Des indemnités de déplacement sont accordées aux membres titulaires à l'occasion de leur participation aux réunions de leur section ou de commissions ad hoc, au congrès national des sociétés savantes lorsqu'ils y prennent une part active, et à toute activité où le bureau du comité les a convoqués.
Ces indemnités sont également accordées aux membres émérites, et aux correspondants à l'occasion des activités dont le bureau les a chargées.
Les frais de déplacement et de séjour des membres du CTHS sont remboursés dans les conditions prévues par la réglementation applicable aux fonctionnaires de l'Etat.