La commission centrale comprend les présidents et un membre du bureau de chaque section. Un représentant du ministre chargé de l'enseignement supérieur et un représentant du ministre chargé de la recherche assistent à cette commission. Elle se réunit deux fois par an en session ordinaire et en session extraordinaire, sur convocation du président du CTHS. Elle entend les rapports du président du CTHS, du président de la commission de publication et des présidents scientifiques des congrès et délibère sur leurs propositions. Elle délibère sur les propositions qui lui sont transmises par les sections ainsi que sur toutes les questions qui intéressent la vie du CTHS.
La commission centrale peut créer à titre temporaire, sur proposition du bureau, des commissions pluridisciplinaires chargées d'une mission précise.
Elle entend les rapports sur les élections de nouveaux membres.
Seuls les membres présents prennent part aux votes.