Dès la clôture du scrutin, le contenu de l'urne, les listes d'émargement et les états courants gérés par les serveurs sont figés, horodatés et scellés automatiquement sur l'ensemble des serveurs.
Le dépouillement n'est possible que par l'activation conjointe d'au moins deux clés de chiffrement différentes sur les trois qui doivent être éditées.
La génération des clés destinées à permettre le dépouillement des votes à l'issue du scrutin est publique de manière à prouver de façon irréfutable que seuls le président du bureau de vote et deux de ses assesseurs ont connaissance de ces clés à l'exclusion de toute autre personne, y compris du personnel technique chargé du déploiement du système de vote.
Ces deux assesseurs nominativement identifiés, le plus âgé et le plus jeune parmi les assesseurs à défaut d'accord, ainsi que le président du bureau de vote reçoivent chacun une clé de dépouillement distincte, selon des modalités en garantissant la confidentialité, permettant d'accéder aux données du fichier dénommé « contenu de l'urne électronique ». La présence de deux titulaires de ces clés est indispensable pour autoriser le dépouillement. Des clés de sauvegarde sont en outre conservées sous scellés.
Le décompte des voix apparaît lisiblement à l'écran et fait l'objet d'une édition sécurisée afin d'être porté au procès-verbal.
Le système de vote électronique est scellé après le dépouillement afin de garantir l'impossibilité de reprendre ou de modifier les résultats après la décision de clôture du dépouillement. La procédure de décompte des votes enregistrés doit pouvoir être déroulée de nouveau.