Le directeur général prend les décisions nécessaires à l'organisation de l'établissement ainsi qu'à sa gestion courante jusqu'à la première réunion du conseil d'administration ; il lui rend alors compte des décisions prises qui relèvent de ses compétences.
Il établit un budget provisoire qui devient exécutoire dès son approbation par le ministre chargé du budget et le ministre chargé de l'environnement, qui peut être modifié par le conseil d'administration dès sa première réunion et qui reste exécutoire jusqu'à l'adoption, par ce dernier, du premier budget de l'établissement.
Les représentants des personnels élus au conseil d'administration et dans les structures paritaires du Conseil supérieur de la pêche siègent dans les instances correspondantes de l'Office national de l'eau et des milieux aquatiques jusqu'à la première élection des représentants du personnel de l'office, et, au plus tard, jusqu'à la fin de leur mandat.