L'école doctorale est dirigée par un directeur assisté d'un conseil.
Le directeur de l'école doctorale est choisi parmi les professeurs et assimilés au sens des dispositions relatives à la désignation des membres du Conseil national des universités ou parmi les enseignants de rang équivalent qui ne dépendent pas du ministère chargé de l'enseignement supérieur ou parmi les personnels des établissements d'enseignement supérieur, des organismes publics de recherche et des fondations de recherche, habilités à diriger des recherches. Il est nommé pour la durée de l'accréditation de l'école doctorale. Son mandat peut être renouvelé sans excéder huit ans.
Lorsqu'une école doctorale relève d'un seul établissement, le directeur de l'école doctorale est nommé par le chef d'établissement après avis du conseil scientifique ou des instances qui en tiennent lieu et du conseil de l'école doctorale.
Lorsqu'une école doctorale fait l'objet d'une accréditation conjointe, les chefs d'établissement désignent conjointement le directeur dans les conditions définies par la convention qui les lie et après avis des conseils scientifiques ou des instances qui en tiennent lieu et du conseil de l'école doctorale.