Les lycées de la défense sont commandés par des officiers supérieurs en activité, chefs d'établissement, qui exercent leur autorité sur l'ensemble de l'établissement.
Le commandant du lycée de la défense est assisté par au moins un membre du corps des personnels de direction d'établissement d'enseignement ou de formation, de première classe ou de seconde classe, pour les questions relatives à l'enseignement.
L'enseignement est dispensé notamment par des professeurs de l'enseignement public. Les cycles annuels d'instruction sont analogues à ceux des établissements de l'enseignement public ; les programmes sont conformes à ceux fixés par le ministre chargé de l'éducation nationale.
Les séries et options d'enseignement des classes du second degré sont déterminées par arrêté du ministre de la défense, sur proposition des autorités de tutelle. La nature des classes préparatoires est définie conformément aux dispositions de l'article 11 du décret du 23 novembre 1994 susvisé.
Le détachement des personnels de direction d'établissement d'enseignement ou de formation et des professeurs de l'enseignement public est prononcé par le ministre chargé de l'éducation nationale, sur demande du ministre de la défense.